Desde el descubrimiento de Hondureño, el territorio se mantuvo intacto, hasta marzo de 1524, cuando Gil González Dávila se convirtió en el primer español en arribar a Honduras con propósitos de conquista. Este fundó la villa de San Gil de Buena Vista y se internó en territorio hondureño pacificando a los aborígenes, luchando contra los españoles que le disputaban el territorio, así como también; esperanzado en encontrar el desaguadero del lago de Nicaragua.11 Luego, Hernán Cortés movido por los informes que había recibido sobre la gran riqueza del país, envió dos expediciones; una por tierra y otra por mar. Encargó la primera a Pedro de Alvarado y la segunda a Cristóbal de Olid. Pero este último, le traicionó. Por este motivo, Cortés salió de México, a la cabeza de una expedición que duró cerca de dos años y terminó, tras miles de peligros y privaciones, en Trujillo.
Al llegar a Honduras, Cortés introdujo el ganado y fundó la ciudad de Natividad de Nuestra Señora, cerca de Puerto Caballos.14 El 25 de abril de 1526, antes de regresar a México, Cortés, nombró a Hernando de Saavedra, gobernador de Honduras y dejó instrucciones de darles buen trato a los indígenas.El 26 de octubre de 1526, Diego López de Salcedo, fue nombrado por el emperador como gobernador de Honduras, en substitución de Saavedra.14 La siguiente década estuvo marcada por las ambiciones personales de los gobernantes y los conquistadores interfiriendo con la organización gubernamental. Los colonos españoles se rebelaron en contra de sus líderes, y los indios se rebelaron contra sus patrones, y contra los malos tratos.
Salcedo, en procura de enriquecerse, tuvo serios enfrentamientos con Pedrarias, gobernador de Castilla del Oro, quien por su lado, deseaba a Honduras como parte de sus dominios. En 1528 Pedrarias, arrestó a Salcedo y le obligó a ceder parte del territorio hondureño, pero el emperador rechazó el acuerdo.15Luego de la muerte de Salcedo en 1530, los colonos se convirtieron en árbitros del poder. Ponían y sacaban gobernadores. Ante esta situación, los colonos solicitaron a Pedro de Alvarado poner fin a la anarquía. Con la llegada de Alvarado en 1536, el caos disminuyó, y la región quedó bajo autoridad y después él murió y dio fin.
En 1537, Francisco de Montejo fue nombrado gobernador. Al llegar a Honduras, anuló las reparticiones de tierras hechas por Alvarado. Su capitán, Alonso de Cáceres, fue el responsable de sofocar la revuelta india de 1537 y 1538, dirigido por el cacique Lempira. En 1539 Montejo y Alvarado tuvieron serios desacuerdos sobre la región lo cual, llamó la atención del Consejo de Indias. Montejo se fue a Chiapas, y Alvarado se convirtió en gobernador de Honduras.
